首先，审判程序的“衍生程序”。非法证据排除之程序实际可以相对独立。《非法证据排除规定》第五条关于在开庭审理前或者庭审中或者法庭辩论结束前，对被告人审判前供述取得的合法性提出异议的，均规定需当庭调查。我们认为，非法证据排除之程序一旦启动，为不致于产生整个诉讼程序的错乱，原有的审判程序应中止休庭，待法庭对被告人审判前供述取得的合法性问题作裁决后，再根据中止休庭的阶段恢复法庭审理。《非法证据排除规定》第七条中规定，公诉人当庭不能举证的，可以根据《刑事诉讼法》第一百六十五条的规定，建议法庭延期审理。同时，应当要求侦查机关（部门）提供相关证明，必要时，可以自行调查核实。该规定第九条第一款：“在法庭审判中，公诉人为提供新的证据需要补充侦查，建议延期审理的，法庭应当同意。”我们认为，其法律依据也应该是《刑事诉讼法》第一百六十五条的规定。鉴于刑事诉讼控辩平等的理念，该条第二款规定：“被告人及其辩护人申请通知讯问人员、讯问时其他在场人员或者其他证人到庭，法庭认为有必要的，可以宣布延期审理。”同时，该规定第八条：“法庭对于控辩双方提供的证据有疑问的，可以宣布休庭，对证据进行调查核实。必要时，可以通知检察人员、辩护人到场。”上述条款的法律依据应该是最高人民法院《刑事诉讼法解释》第一百五十六条和第一百五十四条的规定。这些延期审理的规定从另一角度说明，非法证据排除之程序一旦启动，原有审判程序可以中止，并休庭，非法证据排除之程序在先，原有审判程序置后。非法证据排除程序中，法庭对控辩双方提供证据有疑问的，可以休庭调查。具体方法可以参照《办理死刑案件证据规定》第三十八条执行，即：法庭对证据有疑问的，可以告知出庭检察人员、被告人及其辩护人补充证据或者作说明；确有核实必要的，可以宣布休庭，对证据进行调查核实。法庭进行庭外调查时，必要时，可以通知检察人员、辩护人到场。出庭检察人员、辩护人一方或双方不到场的，法庭记录在案。人民检察院、辩护人补充的和法庭庭外调查核实取得的证据，法庭可以庭外征求出庭检察人员、辩护人的意见。双方意见不一致，有一方要求人民法院开庭进行调查的，人民法院应当开庭。值得注意的是，依据刑事诉讼法规定，法庭休庭调查仅仅是核实证据，而不宜自行收集新证据。
其次，未到庭的书面证据参照规定执行。《非法证据排除规定》第十三条规定：“法庭审理过程中，检察人员、被告人及其辩护人提出未到庭证人的书面证言、被害人的书面陈述是非法取得的，举证方应当对其取证的合法性予以证明。对前款所述证据，法庭应当参照本规定有关规定进行调查。”控、辩双方对于未到庭证人的书面证言、被害人的书面陈述取得的合法性提出疑问的，应当参照被告人审判前供述的调查程序办理，并由举证方承担证明责任，即谁举证的，应提供对该证据提取的合法性的证明。其实，最高人民法院的司法解释早有规定，证人应当出庭作证。所以，我们认为，法庭审理过程中，检察人员、被告人及其辩护人提出未到庭证人的书面证言、被害人的书面陈述是非法取得的，除依法作调查外，必要时可以通知被害人、证人分别指证或出庭作证。这次同时颁布的《办理死刑案件证据规定》第十五条的规定实际是针对上述情形的处理方法，两个规定之间可以融会贯通。该规定第十五条指出，具有下列情形的证人，人民法院应当通知出庭作证；经依法通知不出庭作证证人的书面证言经质证无法确认的，不能作为定案的根据。第一，人民检察院、被告人及其辩护人对证人证言有异议，该证人证言对定罪量刑有重大影响的；第二，人民法院认为其他应当出庭作证的。同时，该条还规定，证人在法庭上的证言与其庭前证言相互矛盾，若证人当庭能够对其翻证作合理解释，并有相关证据印证的，应当采信庭审证言。对未出庭作证证人的书面证言，应当听取出庭检察人员、被告人及其辩护人的意见，并结合其他证据综合判断。未出庭作证证人的书面证言出现矛盾，不能排除矛盾且无证据印证的，不能作为定案的根据。对于控方来说，最高人民检察院《指导意见》第二十五条规定给予细化。 同理，对于法庭来说，控辩双方诉讼地位是对等的，可要求书面证言、陈述的举证方履行证明自己所取得的证据合法性之义务。
另外，《办理死刑案件证据规定》首次从法律规范的层面对证人出庭作证设定了保护性措施，即第六条规定：“证人作证，涉及国家秘密或者个人隐私的，应当保守秘密。证人出庭作证，必要时，人民法院可以采取限制询问、遮蔽容貌、改变声音等保护措施。”该规定第十七条还指出：“对被害人陈述的审查与认定适用前述关于证人证言的有关规定。”
再次，二审程序对非法证据之调查可比照处理。《非法证据排除规定》对非法证据排除规定了严密的程序，确实做到疏而不漏。该规定第十二条：“对于被告人及其辩护人提出的被告人审判前供述是非法取得的意见，第一审人民法院没有审查，并以被告人审判前供述作为定案依据的，第二审人民法院应当对被告人审判前供述取得的合法性进行调查。检察人员不提供证据加以证明，或者已提供的证据不够确实、充分的，被告人该供述不能作为定案的根据。”这条实际是救济条款，也是补漏和保底条款，如果起诉和一审审判阶段依法履职的话，第二审人民法院是无需再作调查的。如果有“漏网之鱼”，那么调查程序可以比照一审的办理，此与刑事诉讼法关于二审程序除特殊规定外，其余均参照一审程序办理的规定是一致的。我们认为，《非法证据排除规定》中的对证据合法性调查的情形，合议庭依法均应该写入笔录，由审判人员和书记员签名。
最后，合议庭评议后当庭认证。法庭对被告人审判前供述的合法性问题进行调查，并可依法作裁定。我们认为，实践中，依照最高人民法院《关于人民法院合议庭工作的若干规定》第五条第六项关于按照权限对案件及其有关程序性事项作裁判或者裁判意见的规定，对于证据的程序性审查，其职责应当由合议庭承担，故合议庭在对证据合法性调查后可以休庭评议，如果意见分歧，应当按多数人的意见作决定，但少数人的意见应当写入笔录，然后再开庭，对证据的合法性是否有疑问依法作裁决。如果按审判权限，需报请审判委员会讨论的，合议庭则应将以调查程序审查的情况及处理结果一并呈报院长，由院长提交审判委员会讨论并作终局决定。同时，对涉嫌违法取证的证据排除与否的情况应当在裁判文书中给予具体评判，包括对是否采纳申请方（包括控诉方）的申请及排除与否的理由应详细说明和阐释，使得被告人或控诉方更理解法庭审理的内容，也更容易接受判决结果。
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