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发生医疗事故争议的由哪个卫生行政部门处理发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的，由医疗机构所在地的县级人民政府卫生行政部门受理。医疗机构所在地是直辖市的，由医疗机构所在地的区、县人民政府卫生行政部门受理。二、医疗事故争议的处理途径有哪些医疗事故的处理途径具体如下：1、医患双方自行协商解决。《医疗事故处理办法》第11条规定：“病员及其家属和医疗单位对医疗事故或事件的确认和处理有争议时，可提请当地医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定，由卫生行政部门处理。”所谓“确认和处理有争议”，是指病员或其家属和医疗单位对诊疗护理过程中发生的病员死亡、残废等不良后果，在认识上不一致，即在定性上有不同认识，以及双方在认定性质上无分歧，即都认为属于医疗事故，但在处理上却各持不同意见，也首先要通过医疗单位和病员或其家属自行协商的方式予以确认和解决，而不应跨越这一步骤直接提请当地医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定，由卫生行政部门进行处理。2、卫生行政部门的处理。医疗事故纠纷，经医疗单位和病员及其家属通过自行协商，对医疗事故的确认和处理不能达成协议时，应由当地医疗事故技术鉴定委员会进行鉴定之后，由卫生行政部门进行处理。3、诉讼解决。所谓诉讼解决，是指通过人民法院的审理来解决医疗事故纠纷。《医疗事故处理条例》第三十九条中由规定，当事人申请当地卫生行政部门处理医疗事故争议的，应当自收到医疗事故争议处理申请之日起10日内进行审查，作出是否受理的决定。对符合本条例规定，予以受理，需要进行医疗事故技术鉴定的，应当自作出受理决定之日起5日内将有关材料交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定并书面通知申请人;对不符合本条例规定，不予受理的，应当书面通知申请人并说明理由。

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