随着中国工业化和城镇化进程的加快，农村土地征收过程中引发的问题和矛盾日渐成为构建和谐社会、建设社会主义新农村的制约性瓶颈。从土地征收补偿制度中存在的问题来看，保障被征地农民的合法权益，仍将是一项十分艰巨的任务。因此，必须不断探究制度供给的新思路，完善土地征收补偿制度，强化法律制度的保护功能。
界定土地征用目的和范围，明确“公共利益”范围标准。我国现行的立法体制是概括性规定，对公共利益的法律没有明确规定，实践中操作困难。公共利益的标准首先应该严格界定在教育、卫生、慈善、环境保护、国防建设、水利改造等方面，国家为了保证此类项目的建设而进行的土地征收被认为是符合公共利益目的的。各地在进行土地征收时，为便于执行，也可以结合当地的实际情况，以国家土地征收法规为根据，拟订适合当地特点的法规或条例；其次，在界定公共利益时，也可以依靠法院的具体判例形成的合法性审查为“公益”观形成司法判例性质上的补充；此外，公共利益应该以土地征收的结果能否使公共获取公共占有的利益为标准。
征收主体重新定位，促进土地市场健康发展。政府既是征地制度的供给者，又是征地制度的需求者。如果政府受利益驱使，运用行政权力扩大征收范围、压低赔偿金额，侵害农民利益，势必会影响土地市场的健康发展。在我国，土地行政主管部门是唯一的征地审核及裁定机构，征地目的的审批由政府承担，如被征地单位或其他主体对征地目的审批不服而申诉的，裁决主体为行政机关，不利于对政府行为的监督及相对人利益的保护。而成立专门的土地征收委员会，独立于政府机关，有效保证土地征收的合法性和合理性。
完善土地征收相关法律程序，体现征地过程民主公正。我国现有的国家和地方性法规以及政府规章，缺少完整系统的关于土地征收程序的规定。程序正义是保证实体权利的前提，完善的征收程序，能够有效限制政府在土地征收过程中的自由裁量权，能使公民的合法权益得到更加充分的保护。首先，建立征地民主决策制度。被征收人有权利参与征收过程、发表意见，以公平、公正、公开的原则进行谈判、协商。其次，进一步补充、完善土地征收程序中的具体制度，需要制定和完善相关实施细则和地方性实施办法，规范土地征收的主体、对象、方式和范围以及具体步骤等，完善土地征用程序。最后，政府部门按照法定的程序批准征用后，由批准地的人民政府予以公告并保证实施，增加征地程序的透明度，如果被征地方对补偿标准持有争议，可以申请上一级政府进行行政复议，或者向人民法院提出诉讼。
完善土地征收补偿制度，建立合理的利益分享机制。目前，征地补偿是农民失去土地后能获得的最直接的经济利益，如何建立合理的征地补偿制度，让被征地农民充分享受城市快速发展带来的经济效益，是保障被征地农民权益的关键。实践中我们可以从以下几方面予以完善：首先，确定农村土地征收补偿标准，制定相应的法律法规，明确补偿的归属和运用，完善补偿客体。其次，细化补偿项目，扩大补偿范围，灵活运用多种征收补偿方法。此外，要灵活运用多种补偿方式，我国目前主要实行货币化安置方式，但是从长远来看，不利于失地农民的长远生活保障，可以考虑用丰富和创新现行征收补偿方式。对于收益稳定良好的重点交通事业、水利建设、生态能源等建设征地补偿，在农民自愿同意的前提下，用地单位与被征地农村集体经济组织协商，可以发放一定数量的债券作为补偿，或者以土地补偿费入股参与经营，这种方式一定程度上有利于保障农民长远的生活目标；此外，也可以考虑保险补偿的方式，即不发或少发放安置费，而是为被征地农民购买社会保险，将被征地农民纳入城镇就业体系，建立社会保障制度，使被征地农民在失去土地之后还能获得较为稳定的基本生活保障，让依靠土地生存的农民在失地后依然没有生活上的后顾之忧。
完善失地农民社会保障体系，彰显宪法权利保障精神。在征收土地后，如何保障失地农民未来的发展以及长期稳定的社会保障，是土地征收程序中的关键问题。第一，被征地农民的子女应该享受国家义务教育赋予的权利，当地政府应力所能及地为被征地农民子女提供平等的上学机会，与城镇居民的子女一视同仁。第二，建立健全被征地农民再就业培训机制，在职业技术、岗位技能等方面要加大培训的力度，以切实提高被征地农民转岗就业的能力为目的，鼓励在征用土地上建设的厂矿企业优先招收当地的被征地劳动力就业。第三，政府应设立专门的基金用于被征地农民的培训，资金来源于土地征收款项、集体资产积累以及政府的拨付。第四，建立健全失地农民的养老、医疗和失业保险基金制度，从国家、地方和被征地农民个人三个层面构建政府主导型的被征地农民社会保障体系，并与城市的社会保障制度衔接起来，把实现被征地农民的可持续生计作为未来征地安置政策的基本目标，形成保障水平较高、权利与利益相当、管理科学、运行规范的保障机制。
完善救助机制，丰富社会司法救助体系。许多国家（地区）针对补偿纠纷的问题都设有专门的救助机制，除设立土地决策、咨询、执行机构外，还专门设立仲裁机构裁决征地者与土地所有者之间的争议。我国在这方面尚有欠缺，在土地征收立法与实践中，对于土地征收方与被征收方就有关补偿标准、补偿数额等事项所发生的纠纷，缺乏明确的法律解决途径。而且，我国目前的土地征收补偿也缺乏正当程序保护，政府在决定土地规划时，缺乏公正听证程序，在确定征收补偿时，缺乏中立的评估机构，在发生纠纷时，缺乏独立的救济途径。结果土地征收不能由行政问题转为法律问题，就会由行政问题演变为社会问题。因此，我国的土地纠纷处理引入法律程序尤为重要，可以考虑在现有的人民法院内部设立专门的土地审判委员会或审判法庭，从私力救济、社会救济和公力救济三个领域来构建被征地农民权利保障的多元化的救助体系。
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